安徽神学院由安徽省基督教两会根据安徽教会对爱国爱教教牧人员的需要筹办于1986年，1987年经国务院宗教局批准正式办学。学院占地12亩，建有教学楼、宿舍楼和一栋能够容纳1000余人聚会的大礼堂。
安徽神学院始终坚持正确的办学方针，三十年来为安徽教会培养了近2000名神学毕业生和培训班学员，他们绝大多数回到当地教会侍奉，成为安徽教会教牧队伍的主力，为安徽教会的健康和谐发展做出重要贡献。
安徽神学院实行董事会领导下的院长负责制，院务委员会为院务管理组织，下设教务处、办公室、圣工部和学工部四个职能部门。现有专职教师12人，其中在读神学博士2人，神学硕士4人，教牧学研究生2人。另外聘请8名省内教会教牧同工为兼职教授宗教课，聘请8名高校教授讲授政治课、文化课。学院设三年制神学专科和一年制传道员培训班，常住学生（员）170余人。图书馆藏书30,000余册。
根据中国基督教全国两会神学教育委员会的有关规定，结合安徽教会的实际，安徽神学院在课程设置上量体裁衣，开设了30多门课程，其中宗教专业课有新旧约圣经、基督教神学、教会历史、教牧学、基督教伦理学、崇拜学、教会管理学、三自爱国教育、神学思想建设等课程，约占总课时的70％；文化政治课有爱国主义教育、政治、国情教育、宗教政策法规、大学语文、英语、中西方简史、中西方哲学史等课程，约占总课时的30％。
在新的时代，安徽神学院现任院长陈田元牧师携手全体教职员工不忘初心、齐心协力、创新思维、砥砺前行，继续加强院校自身建设，不断完善教学体系、提升教学水平，充分发挥神学院校“三个基地”作用，坚定不移地坚持三自爱国原则，以社会主义核心价值观为引领，深入开展神学思想建设和宣讲活动，积极推进基督教中国化实践，努力书写中国基督教神学教育安徽篇章。
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